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事业单位管理会计发展中存在的主要问题有：
一、管理会计制度尚未形成。革命前，国家财政部制定的《国家机关财务会计管理制度》仅针对国家机关，没有覆盖社会事业单位，即使到今天，社会事业单位的管理会计制度也尚未做出明确规定；
二、管理会计要素尚未齐全。社会事业单位的会计内容无法完全满足决策者的信息需求，例如成本预算、绩效评价等；
三、管理会计技术能力不足。管理会计要求有针对性，主体责任分明，可追溯性强，但大多数社会事业单位的财务人员仍然缺乏管理会计的专业知识，导致会计资料无效率和不精确；
四、信息化水平不高。由于社会事业单位的财务支出主要是公务性支出，尚未发挥管理会计信息技术应用的优势，大多数社会事业单位仍以传统方式进行管理会计；
五、会计人员素质薄弱。革命前社会事业单位管理会计以副科级技术人员为主，而且技术素质普遍较低，缺乏经验，社会事业单位管理会计发展由此受限。
事业单位管理会计发展中存在的主要问题
(1)事业单位管理会计基础较薄弱，各部门协同需进一步加强
事业单位会计部门人员的主要职责长期以来被设定为进行会计核算，完成资金的收付是会计人员的主要工作。而在管理会计的建设发展中，会计人员的工作重心不再是财务会计核算，而是管理会计，这需要财务人员有较为清晰的定位。目前，在推进管理会计体系建设的过程中发现，管理会计工作涉及各个部门的协调，公司各层面对管理会计的理念、工作方法的认识，仍需要一个过程，迫切需要更多的宣传推广、理论和经验指引。而这些工作目前在事业单位中一般由财务人员独立推进，缺乏相关组织与工作机制，使得财务人员在协调推进过程中，孤盏难明，推进效率下降。因此，在事业单位管理会计建设中，人员素质和部门协同发展仍有需要改进与加强的地方。
(2)事业单位管理会计起步较晚，政策指引与理论建设仍需加强
管理会计在欧美国家早在20世纪初就已萌芽，在我国起步较晚，目前国内已出台了20多项指引，我国将于2018年底基本建立起管理会计指引体系，但指引并非强制性文件，政府层面的工作更多是辅助引导。理论建设与实务存在脱节，导致在实践层面，企业应用人员对管理会计的本质缺乏准确理解，使得管理会计体系建设在各单位还存在不少障碍，亟需建立起指引体系加以引导。针对事业单位管理会计的专门理论系统和指导实践的方法体系，当前仍是空白状态。对于事业单位而言，其主要接受国家的领导与安排，在很大程度上依托于国家对相关方面的制度建设与约束。因此，国家在事业单位管理会计指引与理论建设方面仍有较大的发展空间。
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