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事业单位会计管理制度存在的问题
1、会计报表与经济实质不符，会计清楚准确性不高；
2、会计管理制度完善度偏低，管理制度动态更新不及时；
3、财政监督松懈，会计审计作业不足；
4、门户机构财务报表内容有限，分析报告水平不高；
5、会计人员教育培训落后，会计知识积累较少；
6、缺乏独立性、专业性原则，会计核算控制不严；
7、信息化进程缓慢，信息电子化差距大。
事业单位会计管理制度存在的问题
1.成本核算方面
目前在事业单位体系中，经营性事业单位存在经营性业务，而两者采用不同的会计基础进行核算。一般情况下，事业单位对经营性业务采用权责发生制，进行成本核算对非经营性业务采用收付实现制，不进行成本核算。由于不计算成本，难以对非经营性业务进行正确的资金使用绩效评价与考核。另外，实际工作中由于两种业务不易区分，使得费用难以合理分摊，造成成本不能准确核算。这不仅不利于事业单位的内部管理，不利于国家预算资金的有效使用，而且很容易造成国有资产的流失。因此，经营性事业单位进行全面的成本核算更有利于节约资金和提高运行效率。
2.资产核算方式方面
在现行事业单位会计制度的资产核算方式方面，固定资产不计提折旧，只核算账面原值，通过提取修购基金来保证事业单位固定资产的更新和维护。现行事业单位会计制度对固定资产计价、固定资产增加、固定资产转出、固定资产的盘亏、盘盈等会计事项规定了详细的核算方法，但对固定资产在使用过程中的价值损耗核算的规定却不明确。由于不反映固定资产净值，存在很多问题固定资产的账面价值与净值，会随着使用时间的延长，发生价值背离固定资产原值，不反映固定资产的磨损，虚增资产总量，使资产负债表中净资产指标不能反映资产的实际状况。由于成本不包括折日费用，使得成本核算不完整。一方面，事业单位在购建固定资产时，借记事业支出—设备购置费或专用基金—修购基金或专款支出等科目，这样核算虚增了事业成本;另一方面，固定资产不计提折旧，人为降低了取得相应收入的成本，虚增了盈余，且不能真正体现会计核算的配比原则。
3.会计核算基础方面
《事业单位会计准则试行》第十六条规定预算单位会计核算一般采用收付实现制，但经营性业务核算可采用权责发生制。在收付实现制下，事业单位经常存在一些会计年度内收支项目不配比的情况，导致一些事业单位采用收付实现制来核算，不能真实完整的反映该单位的经济业务。如事业单位的在一些非经常性的费用支出方面，在发生费用费用的时期，支出增大，造成结余减少。使当期收支不配比，计算的结余也不是真正的结余。尤其是实行政府采购和国库集中支付制度以后，采购环节和付款环节相分离，使得项目的实施与货款的支付存在一定时间间隔，如按现行的事业单位会计制度处理，在采购和支付间隔跨年度时，会出现比较严重的帐实不符，不能真实反映单位的经济业务。
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